时间为203X年。在涩谷发生警备机器人失控事件。公安总务课的刑警，中村奈绪委托探侦・明智小五郎解决事件。但是，明智已经带领少年侦探团的井上了急速前往机器人的制造厂“日野重工”。另一方面。团员花崎健介从同样是团员的技术担当，野吕诚那里得到协助，穷追着搜索着的迷途犬直到废弃建筑。于是，花崎的前方，谜之少年小林芳雄出现了。