荆天明(蒋劲夫 饰)跟随东巡的秦军，找到了大司命(宋宁 饰)，要求大司命想办法救治高月(胡冰卿 饰)。大司命猜到高月正被玉珪力量蚀体，故意问起荆天明看着心爱之人被折磨是何种滋味。想当初，小司命为救荆天明离开咸阳城，不幸陨命林中。大司命当时感受到了前所未有的痛苦，对荆天明的心情感同身受。

　　东皇太一进入营账与云中君议事，大司命领命退走。荆天明藏在布帘里面，听到东皇太一与云中君谈起驾崩的秦始皇。

　　护送秦始皇的车队在车上放了大量生鱼，掩盖住秦始皇尸体的臭味，云中君担心尸臭味越来越浓，车队还未返回咸阳宫，秦兵们便闻到了尸臭味。

　　荆天明没有料到自己听到的是秦始皇驾崩的秘密，立时陷入到深深的震惊中。东皇太一与云中君离开营账，大司命走了进来，送了一颗混元珠给荆天明，叮嘱荆天明把混元珠系挂在高月的脖子上，混元珠虽然无法治愈高月，但可以抵挡高月体内的玉珪之力。

　　扶苏派几个亲信找到东皇太一，意图查看父亲秦始皇是否健在。东皇太一为了隐瞒秦始皇身亡的秘密，派出杀手杀掉了扶苏的几个亲信。

　　荆天明离开秦军营地，在路上遇到扶苏的几个受伤严重的亲信，其中一人口吐鲜血，叮嘱荆天明把秦始皇身亡的秘密转告给扶苏。

　　荆天明还未返回扶苏身边，东皇太一派出特使携带假圣旨，当先一步前往扶苏驻地，念读假圣旨，宣布扶苏与蒙恬给秦始皇陪葬。蒙恬对秦朝忠心耿耿， 对假圣旨的可信度产生怀疑，扶苏检查假圣旨，发现上面盖着玉玺印章，由此足以说明是秦始皇写的圣旨。扶苏还不知道是东皇太一从中做梗，改写了圣旨。

　　特使迫不及待欲处决扶苏，盖聂(陆毅 饰)出手杀掉了特使，其余特使闻讯而至，与蒙恬一方拼杀起来。扶苏心疼父亲建立的江山即将分裂，为了平息叛乱，甘愿拔剑自刎。

　　扶苏死后，蒙恬进京找东皇太一理论，中了东皇太一的奸计，死于非命。

　　扶苏十四岁的儿子子婴入京回宫，因父亲身亡，子婴神智失常疯疯癫癫，东皇太一几经试探，深信子婴并非装疯卖傻，于是决定任由子婴疯癫下去。

　　盖聂心情失落缅怀身亡的扶苏，他身为扶苏的友人，却没有能力救其于危难中。